支店廃止の大まかな手順は以下の通りです。

1.取締役会で支店廃止の決議を行う。
2.本店所在地で支店廃止登記を行う。必要書類取締役会議事録
3.支店所在地で支店廃止登記を行う。必要書類登記簿謄本(本店で支店廃止終了後のもの)

支配人を選任している場合は、同時に支配人の代理権消滅の登記も行います。
(支配人代理権消滅登記の登録免許税は3万円かかります。)

その場合は、代表取締役の印鑑証明書が必要になります。
その営業所で個別に労災、雇用保険等の処理をしている場合は、各種変更届(職安)、廃止届、確定保険料申告(労基)等を行います。
本社で一括処理している場合は、別段の手続きは不要です。

支店を管轄している登記所が本店と同じ場合は、登録免許税が1件につき2万円
管轄所が別の場合、支店設置場所を管轄する法務局へ、別途6千円収める必要があります。

(準備またはお知らせいただくこと)(ケースにより変わることがあります)
@会社代表印
A役員全員の認印
B支店廃止場所の住所詳細
C最新の履歴事項証明書(登記簿謄本)
D現代表者の身分証明書(運転免許書など)